کوه خضر نبی در 6 کیلومتری مرکز شهر قم قرار دارد. این کوه در نزدیکی شهرکی نوساز به نام شهرک ایثار واقع شده و شهر قم از فراز این کوه بسیار دیدنی است.
نام کوه را براساس روایت‌ها به دو دلیل به این نام می‌نامند. دلیل اول اینکه عده‌ای کوه را محل عبادت حضرت خضر نبی می‌دانند و دلیل دیگر این بوده که می‌گویند خاک و سنگ این منطقه به رنگ سبز بوده و خضر به معنی سبز است و این کوه به خضر مشهور شده است.
مسجد جمکران در نزدیکی این کوه واقع شده و مسیر دسترسی به مسجد جمکران به شکلی طراحی شده که از دامنه این کوه می‌گذرد و این برای زائران و بازدیدکنندگان بسیار مسیر آسانی به منظور دسترسی به کوه خضر است.
باستان‌شناسان اعتقاد دارند در این کوه بیش از 3 هزار سال پیش غاری وجود داشته که احتمالا محل نیایش و عبادت حضرت خضر نبی بوده است. در آن دوران قم تا به این قسمت گسترش نیافته بود و به همین دلیل کوه خضر و غار موجود در آن محلی خلوت و امن برای عبادت و نیایش بوده است.
بعدها نیز عارفان بسیاری به این مکان برای عبادت می‌آمدند. این غار امروزه به یک مسجد کوچک تبدیل شده که زائران برای عبادت به آنجا می‌روند.
