قدمت مدرسه به دوره قاجار باز میگردد. در سال ۱۲۲۱ هجری قمری به دستور فتحعلی شاه کلنگ مدرسه سلطانیه زده شد و در سال ۱۲۲۹ هجری قمری ساخت آن به پایان رسید.
معمار این بنای تاریخی محمد شفیع بوده است. مدرسه سلطانیه که در مجاورت بازار کاشان قرار دارد،سبک بنا شباهت زیادی به مدارس چهارباغ و صدر اصفهان دارد.حیاط مدرسه پوشیده از درختان کاج است و یک آبنما در وسط حیاط به چشم میخورد.
دورتادور صحن حدود ۵۰ حجره وجود دارد که به منظور اسکان طلاب ساخته شدهاند.
تزئین مدرسه با کتیبههای گچی و کاشیکاریهای رنگارنگ، گنبد آجری و سردر که با اسلوب زیبایی کاشیکاری شده، نگاه گردشگران زیادی را به سوی خود جلب میکند.
