این مدرسه توسط امیر یوسف خواجه بهادر، ملقب به غیاث الدین، یکی از فرماندهان دوره تیموری در دوران سلطنت میرزا شاهرخ (807-850 قمری) ساخته شد. تا مدتها به نام بانی اولی اش یوسفیه خوانده می شد اما بعدها به مدرسه دو در یا دو درب نامیده شد و وجه تسمیه آن وجود دو درب ورودی شرقی و غربی بوده.مدرسه دو در که از مدارس علوم دینی و بنا های تاریخی عصر تیموری است اکنون دار القرآن آستان قدس رضوی شده و همچنان با معماری ویژه و خاص دوران تیموری برقرار است.

ساختمان مدرسه 500 متر مربع با 32 حجره در دو طبقه است که طبق معماری تیموری، چهار ایوان دارد. در سردر مدرسه کتیبه ای دیده می شود که روی آن با خط ثلث نام پادشاه وقت، بانی و سال احداث بنا را نوشته اند. زینت اصلی این ساختمان خطوط و نقوش اسلیمیش هستند.

از جلوه های بارز معماری این بنا می توان به دو گنبد زیبای آن در جنوب غربی و شرقی مدرسه اشاره کرد. هر دو گنبد از نوع گنبد های دو لایه هستند و با کاشی های معرق تزیین شده اند. ساقه های گنبد در خود 32 تابلو معرق کاری شده با اشعار فارسی را جای داده اند.در میان گنبد مدرسه، قبری منسوب به بانی مدرسه وجود دارد و روی آن آیه الکرسی و آیاتی دیگر به خط ثلث نوشته شده اند.